Alla sua istituzione l’Ente Parco ha individuato la propria sede legale e amministrativa a Pigna. Nella primavera 2011 è stata istituita anche una sede tecnico-scientifica a Rezzo, presso il palazzo comunale.

Successivamente, ai fini di una maggiore razionalizzazione degli spazi, le due sedi sono state unificate a Rezzo, dove è stata allestita anche un’aula didattica per il Centro di Educazione Ambientale.

A partire dall’estate 2018, il personale dell’Ente Parco opera anche presso un ufficio situato a Imperia, particolarmente strategico per agevolare i contatti di tutto il territorio con la sede.